Compile BLAT on x86_64 Ubuntu 10.04

http://defsci.blogspot.com/2011/02/compile-blat-on-x8664-ubuntu-1004.html

Compile BLAT on x86_64 Ubuntu 10.04

Recently I needed to compile BLAT for x86_64 on Ubuntu 10.04 server. The BLAT pre-compiled binaries for linux are 32-bit. Here is how you do it:

1. apt-get install build-essential
2. Download  BLAT source
3. remove the -Werror compiler flag to treat warnings as errors
4. mkdir -p ~/bin/x86_64
5. export MACHTYPE=x86_64
6. make

Step (3) above requires editing the /inc/common.mk file, line 17 goes from     


HG_WARN_ERR = -DJK_WARN -Wall -Werror

to 


HG_WARN_ERR = -DJK_WARN -Wall
Make places the executables into ~/bin/x86_64 directory. Either add this to $PATH or copy the files to /usr/local/bin

book notes

Chimps can pick up human sign language, teach it to younger chimps, and create new combinations of the signs to refer to new objects. They have "cross-modal transfer of information", i.e. relating their perception of an object through touching with things they see later. They have a long span of memory. They have concept of self. They can make plans, making tools for eating termites much before they find a termite mound.

Multiple page pdf in latex

 Use this package to include multiple pages from one pdf file in latex document.

http://ctan.org/pkg/pdfpages

买车记

周六和Iris一起到Sudeep家做午饭吃，I同学做了Shakshuka ， 我做了第三鲜，S同学做了用lentil熬的糊糊。S同学多才多艺， 弹吉他，唱歌，钢琴等等，他还介绍我们看了好多印度舞蹈，据说共有9种民族舞蹈，北方占一种，主要动作就是穿着长裙不停旋转，南方占8种，有一种舞蹈看起来特喜庆，就是和着节奏用一种步伐蹦来蹦去，群体舞蹈还能摆出很多造型。当然我们印象中的传统印度舞蹈也在其中，一般一个女舞蹈演员，兰花指，大眼睛，用眼神摄人心魄的那种。还有一种特诡异的舞蹈，叫Kathakali  去看视频吧，我就不描述了。

在他家玩的差不多，我们就去了他家附近的一个咖啡店，叫paper or plastic cafe ，我在这儿喝到了迄今为止我喝过最好喝的拿铁。他家旁边是一家芭蕾舞蹈室，里面的男生女生都好有气质呀。

晚上回来开始上craigslist继续找车，找到一辆04年的corolla LE，才跑了五十多K，和I，E，望舒去看了车，觉得不错就直接带去修车厂检查了，去的是washington上的pep boys，虽然规模看起来还挺正规的，但是服务确实不够周到，检查的report特别简单就是几个方框，几个勾。Mechanic 谈起来还挺有经验的，总归车况很好，没什么毛病，最多就是再过个8千迈最好去换一下timing belt。 我还是不会降价，Lina给出9300最低价，比kbb报价低个700多刀，我觉得已经挺值了。 周二去交钱办手续，希望一切顺利。

R barplot with error bar

Go check this blog.
http://monkeysuncle.stanford.edu/?p=485

 
arrows(x,y+upper, x, y-lower, angle=90, code=3, length=length, ...)

12年4月

有意思，跟大树打电话的时候就能记起来很多故事，打开blog反而不知道从哪儿写起了。

好吧，从4月11号写起。那天，两个同学遇难了，最开始听到消息的时候还很兴奋，觉得有刺激的新闻了。当时只知道一个人是USC学生，然后说是两个亚裔，再然后说是两个中国学生。然后我就没有感觉了，一天里，出了消沉不知道该有什么情绪。晚上到tommy trojan聚会悼念死者，也只是莫名的难过，没掉过眼泪。

4月12号我生日，给家里打电话报平安，跟爸爸聊了挺久，他最后告诉我妈妈病了，还想满住病情不让我担心。还好我爸爸很冷静，该检查，联系医院之类的事情都已经安排妥当了。于是两天里，从想像失去自己孩子的父母的心情，到想像如果不幸最终发生我可能有什么心情。

4月18号，在shrine开更正式的追悼会，各种人讲话，校长和viterbi dean的讲话都很真诚，联系到他们自己当年求学的经历，怀有的理想和遇到的困难。接着是中国驻洛杉矶使馆代表讲话。原来流程单上写的是副总领事讲话，临时换成了总领事讲话。可以猜到那讲稿一定是秘书拟定的，不管是哪个官员站上去都可以直接念出来，自然感染力就大打折扣。最感人的是两个同学的好朋友上台回忆他们一起经历的点滴。女生的朋友是在USC才认识的同学，但短短一两个学期她的善良，勤奋，对朋友的关怀已经赢得了她朋友们的心，也感动了在场的与她并不相识的我们。男生的朋友是从本科开始就住一个寝室的兄弟，六七年里他的憨厚，对朋友间的支持鼓励，一个人在海外艰辛和奋斗，都是我们感同身受的。到这里我就哭得不行了，我不知道我还能做什么。

03/31/12

这个周末开会，mike 70岁生日和simon60岁生日加上MCB项目10周年的聚会。牛人来了不少，David Haussler，Wing H Wong， Terry Speed， Barry， Ron 好多牛人，还有很多MCB毕业的学生博士后。看着自己桃李满园，他俩一定特开心，虽然不是所有的talk质量都很好。

遇到了一个越南人，在圣彼德堡大学和UCSD作博士生，看起来很学术，他是N同学的硕士毕业时候的指导者之一。世界还挺小的。他的导师是个很有意思的俄国人，二十多年前来USC跟mike和simon讲De bruin graph，当时苏联还不允许外国货币进入苏联，他就只带了15马克在洛杉矶待了一周，到了LA，mike接他到宾馆，Pavel很兴奋，跟mike说我们来讨论bioinformatics吧，mike很diplomatic地跟他说“你累了”，他很憋屈，凌晨4点睡不着就到Downtown去逛了一圈。第二天，m和s知道了这事儿之后就明白"they're in trouble"了。 等P同学给了talk之后，m和s明白了几件事，P knows nothing about possion approximation, and he doesn't speak english.


今天晚上去K和J家吃饭，I同学带我去的，玩guitar hero，draw sth。我觉得K对I格外好。